O benefício do # ifdef ao invés de comentá-lo, é que (em grandes projetos) você pode ter as definições listadas em um arquivo make ou config - e por isso não precisa ir manualmente para descompactar coisas, construir, e depois re-comentar se for em muitos lugares. A desvantagem disso é que alterar o DEFINE do projeto geralmente significa reescrever a coisa toda, não apenas os arquivos alterados.
Embora ... eu acho que o "código comentado é uma coisa ruim" realmente se refere a código morto que as pessoas simplesmente não queriam apagar por qualquer motivo (medo de jogar fora algo que gastou tempo em talvez?). Não é realmente sobre a situação que você tem para você.