Não é um problema de treinamento, é uma questão de fatores humanos. Eles não querem e estão criando bloqueios de estradas. Lidar com a dinâmica de grupo quebrada, qual é a causa da rota de sua objeção - geralmente medo, é apenas medo de mudança, ou é mais sinistro.
Nenhum desenvolvedor profissional hoje, ou nos últimos 20 anos, resistiu ao controle de origem. Uma vez, cerca de 30 ou 40 anos atrás, quando os computadores estavam lentos, o controle da fonte era ainda mais lento e os programas consistiam em um arquivo de 500 linhas, era uma dor e havia razões válidas para não usá-lo. Essas objeções só podem vir do pior tipo de caubói que eu posso imaginar.
O sistema é forçado neles dificultando suas vidas de alguma forma? Descubra o que é e altere o sistema para invalidar a objeção. Repita até terminar.
Eu sugiro olhar para o GIT ou o Mercurial. Você pode criar um repositório em cada árvore de código-fonte, eles nem perceberão e continuarão a hackear como fazem agora. Você pode acompanhar as alterações que eles hackearam na base de código, fazer commits, mesclá-los em outras árvores de código, etc. Quando eles vêem uma mescla de semanas de esforço em outro produto em segundos, eles podem mudar suas ideias. Quando você reverte um dos seus enroscados com um comando, e salva o seu traseiro, eles podem até agradecer (não conte com isso). Na pior das hipóteses, você fica bem na frente do chefe e, para um bônus, faz com que pareçam com os vaqueiros que são.
Merging would take not only a great knowledge of the project
Nesse caso, temo que você esteja no alto do proverbial riacho sem remo. Se a mesclagem não for uma opção, ela também não está sendo implementada. Por isso, você está dizendo que não é mais possível adicionar recursos que você já possui em uma ramificação (termo usado livremente) a outra.
Se eu fosse você, eu reconsideraria minhas perspectivas de carreira ...