Geralmente, uma condição longa se é o sinal de código que precisa de refatoração, mas às vezes você não pode evitá-lo. Nesses casos, prefiro o primeiro:
if (bar || baz || quux) { ... }
Porque você é capaz de dizer o que está acontecendo com uma linha. No entanto, prefiro fazer algo assim, quando possível:
function foo() {
return bar || baz || quux;
}
if (foo()) { ... }