Pode haver configurações do compilador diferentes entre as versões IS.
O aplicativo pode invocar comportamento indefinido e, nesse caso, tudo pode acontecer. Eu tive isso acontecendo quando alguém introduziu o UB seis meses antes, e isso causou falhas 6 meses depois em um código recentemente introduzido totalmente não relacionado.
Eu uma vez tinha um computador com RAM com defeito, e ele produzia um código de falha quando um arquivo fonte específico era compilado naquela máquina se a máquina estivesse em execução por horas.