Neste caso, eu ficaria condicionado ao sistema operacional e deixaria claro, no nome do teste, que ele deve ser executado apenas no Linux.
Eu não estou familiarizado com as estruturas de testes unitários do PHP, mas se eu estivesse fazendo isso no Python, eu configuraria o teste para ser ignorado quando executado no Windows, pois unittest
suporta condicionais no "pular este teste" "marcação.
Se tudo o que você precisa fazer é configurar pastas com permissões específicas e ver como seu script reage, veja se você pode usar outro idioma (PowerShell? Python? Não tenho certeza.) para configurar seu ambiente primeiro. Então você poderia testar seu código PHP em pastas pré-criadas.
Se isso não for feito, configure "scripts" de teste interativos no Windows que precisarão ser executados manualmente. Por "scripts" aqui quero dizer os passos a serem seguidos em cada teste para verificar se o seu código PHP funciona como esperado. Não é um teste unitário neste momento, mas é definitivamente melhor do que não ter nenhum teste.