MIT app executando um comando GPL

Sim. Se o seu programa não contém nenhum código - fonte ou objeto - de um trabalho GPL, então ele não está sujeito à GPL.

Eu não sou advogada, nem tenho nenhuma, mas a Oracle o faz. Muitos deles, bastante (in) famosamente. O Oracle distribui a versão de muitos de seus produtos que são executados no Linux. O kernel do Linux e a maioria de seus utilitários são GPL e seus produtos certamente os chamam. Se os advogados da Oracle acham que está tudo bem, então eu acho que é mais do que provável que esteja tudo bem.

Eu não acho que exista um problema, desde que você não inclua o código GPL no mesmo executável. Chamar ferramentas externas na linha de comando não necessariamente quebra sua licença.

Na prática, fazer o que você sugeriu permite que o cliente / usuário final substitua o comando existente por alguma solução personalizada a qualquer momento.

PS: Eu não sou advogado, então você provavelmente deveria falar com um.