Quando implementado corretamente, você poderá ter os dois mundos. Quando você vai a rota do serviço da Web você pode estar enviando a versão json dos modelos que você estaria usando para renderizar suas visualizações MVC com o contrário.
Para a versão web, você precisa construir seu html em algum lugar. Eu acho que você pode fazer isso principalmente do lado do servidor ou fazê-lo usando alguma forma de modelos lado do cliente javascript. O dado / modelo requer que seja o mesmo.
Se a rota de serviço da web significa SOAP, eu discordaria também.
Por que não tornar o aplicativo da web móvel? Você pode acabar não precisando de um aplicativo nativo para dispositivos móveis ...