Escalabilidade de usar variáveis de ambiente

Eu acabei de me mudar para o mundo Ruby on Rails e, com isso, estou sendo introduzido a um uso muito mais liberal de variáveis de ambiente do que o que eu fui exposto no passado. Especificamente, parece que há uma convenção aceita para armazenar chaves de API de terceiros e tokens secretos como variáveis de ambiente.

NOTA: esta não é uma questão específica do RoR. Eu só mencionei isso para ilustrar um ponto de vista.

Eu certamente vejo o benefício dessa abordagem; a maior delas é que uma base de código pode ser implantada de forma idêntica em vários servidores sem alterar o código ou temer que o aplicativo esteja usando o recurso errado. No entanto, tenho medo de pular no vagão da banda.

Primeiro, a abordagem não parece escalonável em minha estação de trabalho de desenvolvimento (laptop) ou em servidores. Se estou trabalhando em 10 sites diferentes e cada um deles está usando o Amazon S3 (por exemplo), preciso de 10 EVs diferentes. A gestão será difícil:

• colisões de nomenclatura são uma possibilidade distinta (especialmente se eu estou trabalhando em projetos legados que eu não tenho controle completo);
• a visibilidade é obscura (quais EVs existem na máquina de destino? que foram ou podem ser desativados?);
• sem controle de versão (quem alterou o EV? quando? porque?)

Em segundo lugar, um dos principais pontos de venda, como eu o entendo, é que usar EVs retira os dados confidenciais do repositório, onde olhos curiosos podem vê-los. Isso só parece que deve ser um problema para repositórios públicos, que eu não tenho nenhum. Todos os meus repositórios são privados, muitas vezes devido a problemas contratuais, como NDA ou direitos de propriedade.

Como tudo isso acontece em cenários da vida real? Esta abordagem é melhor para algumas situações do que para outras? Existem outros profissionais que superam minhas preocupações aqui?