O formato do repositório só muda muito raramente, e ele nunca é alterado de forma incompatível com versões anteriores. IIRC, as últimas alterações incompatíveis no formato do repositório estavam de volta durante o período original de 12 dias quando Linus escreveu Git, ou seja, antes mesmo de publicar o código.
Acho que houve uma alteração incompatível com versões anteriores em um dos protocolos remotos muitos anos atrás. No entanto, nesse caso, o servidor informará que você precisa atualizar seu cliente e até mesmo qual versão mínima para atualizar.
Claro, se você for longe o suficiente, você chegará a uma versão que nem conhece o protocolo HTTP atual .
Mas em todos os casos acima, estamos falando de clientes com vários anos desatualizados.