"Product Owner" é um termo do Scrum, que é apenas uma forma de Agile. O Scrum é realmente projetado em torno da noção de pequenas equipes de sete mais ou menos dois, que fazem todo o desenvolvimento e teste da solução do projeto. A equipe trabalharia com um Product Owner, que é dono do que entra no projeto e o que não é.
Para escalar o Scrum, as organizações formaram o que é conhecido como um Scrum de Scrums, onde há inúmeras equipes, cada uma do tamanho mencionado acima, e cada uma com um Product Owner. Um representante de cada equipe (ou possivelmente o Product Owner) participa como membro de uma espécie de meta-equipe, que coordena o que as equipes individuais estão fazendo. Essa equipe teria seu próprio Product Owner, proprietário da solução maior. Em um projeto enorme, pode haver outro nível (um Scrum de Scrums of Scrums), mas isso é realmente arriscado.
Você poderia seguir esse modelo, dando a cada sistema uma equipe e um PO, e depois coordenando entre as OPs. Ou você pode tentar uma abordagem Agile diferente, como Kanban ou Crystal.