Eu recomendo que você use py.test: é uma boa estrutura de testes
e você tem dois caminhos para estruturar seu projeto, o primeiro é:
myProject/
README
subproject1/
__init__.py
classA.py
classB.py
driver.py
tests/
basicTest.py
e o segundo é:
myProject/
README
subproject1/
__init__.py
classA.py
classB.py
driver.py
tests/
subproject1/
basicTest.py
subproject2/
test2.py
depende de suas necessidades, pessoalmente eu sempre o segundo método