O protótipo Array é em si um array totalmente funcional, porque ele precisa conter toda a funcionalidade necessária para que um objeto funcione como um array. As instâncias de matriz herdam todas as suas funcionalidades através do protótipo.
De acordo com a especificação :
The Array prototype object is itself an array; its [[Class]] is "Array", and it has a length property (whose initial value is +0) and the special [[DefineOwnProperty]] internal method described in 15.4.5.1.