Depende muito de como seus projetos são usados downstream do git - como eles são construídos, implantados, etc. Basicamente, seus processos automatizados ditarão o melhor método para a estrutura do repositório.
Por exemplo, se você estivesse usando, digamos, o Jenkins para construir seus projetos, a estrutura ideal do git seria usar um repositório, com várias ramificações (mestre, dev, release candidate). Você ainda teria cada projeto separado em sua própria pasta. Esta configuração permite que você tenha um único trabalho do Jenkins que pode construir tudo em seu repositório. Todos os três projetos, construídos com um clique. Isso não seria possível com três repositórios. Apenas três vezes mais trabalho quando você vai construir.
Se você não possui builds automatizados, basta usar qualquer estrutura que seja mais familiar para seus desenvolvedores e fazer a transição para git o mais fácil possível. Git é muito bom em fazer o trabalho, independentemente de como você configurou. Basta configurá-lo para melhor atender às suas necessidades. Os obstáculos que você provavelmente enfrentará provavelmente não estarão no seu repositório git ou em como você o estruturou.
As dependências entre seus projetos seriam resolvidas pelo seu sistema de compilação, não pelo git. O Git lida apenas com o código-fonte e o controle de versão, não com a ordem de construção ou com o gerenciamento de dependência. Portanto, a estrutura do repositório é irrelevante quando se trata de dependências.
Além disso, eu concordo com o guineveretoo - a estratégia de ramificação é muito importante. Ter uma estrutura git estranha equivale a um comando mais longo ou mais alguns passos para os desenvolvedores, mas é uma ação que nem sempre é repetida. Commits, e especialmente push, só devem acontecer quando uma mudança de código é construída e testada e pronta para ser usada. Do outro lado da moeda, ter uma estrutura que não corresponde à sua estratégia de ramificação faz com que seja um pesadelo para quase todos.
Para ver um exemplo de uma prática recomendada, a estratégia de ramificação testada e comprovada, consulte este guia .