Meu palpite é que a perda de flexibilidade pode exceder o benefício do aumento de desempenho, se houver. A necessidade de uma atualização repentina ou downgrade de alguns componentes pode acontecer a qualquer momento e, com bibliotecas comuns, você seria muito limitado nesse sentido. Além disso, qualquer site tem vida própria e deve ser mantido completamente separado dos outros (através de chroots, máquinas virtuais, cadeias) por razões de segurança.