Em geral, o principal mecanismo de versionamento quase nunca é usado no macOS. Eu sei de uma única biblioteca que usa isso. É difícil manter o controle de versão também. Na verdade, a documentação que você vinculou diz:
Creating a major version of a framework is something that you should avoid whenever possible.
Como tal, não recomendo usar versões principais em macOS ou iOS.
Versões menores provavelmente são boas, mas, como você deduziu, são desnecessárias para um único aplicativo. No entanto, se você desenvolver vários aplicativos que acompanham a mesma biblioteca compartilhada, pode valer a pena usar versões secundárias para seus próprios fins. Eu sei que onde eu trabalho, nem todos os aplicativos são enviados ao mesmo tempo, e um pode estar usando uma versão antiga (secundária) de uma estrutura em que outra usa uma versão mais recente (secundária). Como tal, pode ajudar a entender as diferenças ao depurar, por exemplo.