Qual é a abordagem comum para bancos de dados de modelos de componentes?

Meu projeto:

Tenho funcionários que precisam passar por uma lista de verificação quando encontram um pato, um gato e um humano. Em nossos negócios, temos um número definido de patos, gatos e humanos que entram e saem de nossas portas. Quando eles entram, temos que verificar se todos esses recursos estão presentes.

Os recursos:

Aquiestáonossodesignatualdebancodedados:

Abordagem atual:

1. Quando um animal entra em nosso prédio, recebemos sua identificação.
2. O ID deles nos dá o registro de animais.
3. Criamos um novo registro "check_in" para o animal
4. No registro check_in, usamos o modelo fornecido pelo relacionamento animal_type- & feature_type
   • Por exemplo: Sam, o pato, terá um novo check_in criado com entradas separadas de penas, asas, bico, pés e olhos check_in_feature.
5. Passamos pelo processo e definimos feature_is_present para true ou false para cada um dos recursos
6. Quando terminar, nós as verificamos e a entrada check_in está completa

Minha pergunta:

Na prática, esse esquema relacional é muito difícil de se trabalhar. Nós usamos isso há anos e são constantemente desacelerados quando procuramos informações por causa das estranhas junções que esse design tende a exigir. Não tenho dúvidas de que esse é um problema conhecido com uma solução mais elegante do que usar essa abordagem ingênua. Alguém conhece uma maneira melhor de estruturar isso, ou melhor abordagem, que será mais fácil e mais eficiente de se trabalhar?

EDITAR: Apenas percebi que existem artefatos do nosso sistema atual nas seções de propriedades de navegação, apenas os ignore. Eu não quero recriar as imagens se eu puder evitá-lo