Então, só queria dar continuidade a essa pergunta agora que sou um pouco mais experiente como engenheiro.
Um trabalho para isso que eu encontrei é colocar informações confidenciais, chaves de API, sais, etc, etc. em arquivos de configuração json que estão fora do escopo do servidor web. Eu costumo colocá-lo em /var/securelocation/websiteconfig.json
. Então, quando escrevo um script php, carrego esse arquivo de configuração json em um objeto php e acesso as propriedades que preciso.
Esse método é bom porque não só reduz a chance de vazamento de informações confidenciais se houver um problema com o seu php ou servidor da Web, mas também facilita o upload de seu código para o GitHub sem precisar higienizá-lo. Apenas forneça um exemplo de arquivo json para o próximo usuário e pronto!