Não está claro para mim se você está procurando por informações realmente básicas sobre coisas como representação gráfica e passagem, em cujo caso quase qualquer boa estrutura de dados de livros servirá, ou se você está tentando descobrir uma maneira de inferir um modelo de estrutura a partir de informações relativamente não estruturadas, como se poderia fazer em projetos de mineração de dados.
Se é o segundo caso, e você entende os fundamentos dos gráficos, você pode dar uma olhada em Modelos Gráficos Probabilísticos (Koller e Friedman) e Introdução à Aprendizagem Relacional Estatística (Getoor e Taskar). Não cheguei muito longe nesses livros, mas eles têm um estilo que os torna mais úteis do que a média para programadores do setor como eu, que nunca passaram muito tempo em aulas de matemática na faculdade. Também Data Minding, Second Edition de Ian Witten é bastante pragmático.
Para uma cobertura mais superficial, mas também mais prática, veja Algoritmos da Web Inteligente, Haralambos Marmanis e Dmitry Babenko, e Inteligência Coletiva em Ação, de Satnam Alag.