O tamanho do arquivo não parece ser o seu problema - no desenvolvimento do mundo real, você encontrará projetos que teriam centenas de arquivos, mesmo que cada um deles contenha milhares de linhas de código.
Se trabalhar com muitos arquivos for um problema, você precisará de melhor organização e ferramentas. Os IDEs modernos têm muitos recursos que ajudam nisso (por exemplo, ao programar o Java no eclipse, o "Open Call Graph" trará lágrimas de alegria aos seus olhos se você ainda não o viu), então aprenda a usar um deles bem. Quanto à organização, um código bem projetado deve ter baixo acoplamento e alta coesão , o que significa que o código o que faz coisas relacionadas é muito próximo (alta coesão) e para entender um dado pedaço de código você não precisa olhar para muitos outros (baixo acoplamento).
Tudo o que foi dito, o tamanho médio de um arquivo em código bem projetado deve ter talvez 300 linhas de código, mais ou menos (depende da linguagem também). Não há mínimo: às vezes, o design exige uma classe vazia.