Por que o Perl é tão usado em Bioinformática? [fechadas]

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O que é sobre o Perl que o torna tão útil em Bioinformática? Por que o C ++, Matlab ou Python não é o idioma grande?

    
por Adel 14.07.2011 / 18:17
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6 respostas

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O que torna o Perl tão útil para a bioinformática é que 1) é uma linguagem relativamente fácil de aprender, 2) existem muitos scripts pré-existentes para usar, incluindo bioPerl e 3) as chances são de que o laboratório em que você trabalha tem centenas de scripts e módulos, já escritos em Perl.

O nível do programador tem menos a ver com a escolha da linguagem, depois as tarefas que lhe são feitas. Quaisquer trabalhos avançados ou computacionalmente caros geralmente são gravados em Java ou C e executados em um cluster.

Uma coisa a entender sobre bioinformática, é que é um campo diverso, com diversas tarefas sendo feitas sobre aqueles que o praticam. Não é incomum para mim usar Perl, R e Java em um dia. Perl para material de script, movimentação de arquivos, download de coisas, algumas análises básicas de dados, R para visualização de dados e Java para computação algorítmica / trabalho com e modificação de aplicativos. Dito isto, a maioria das tarefas que eu exijo o uso de Perl, no entanto, eu gostaria de mudar para Ruby, como tem funções mais avançadas, lambdas & procs, que pode levar a um código mais sucinto e é totalmente orientado a objetos.

    
por 14.07.2011 / 19:28
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Além das virtudes inerentes de Perl, parte disso é simplesmente história. Houve uma grande expansão da bioinformática na virada do século por causa do Projeto Genoma Humano. Na época, o Perl era, de longe, a linguagem de script mais popular em geral, usada . Ruby e Python estavam certamente por perto, mas não tinham quase o apoio / mind share que eles fazem hoje. Isso deu muito impulso a Perl no campo.

Eu acho que o uso de Perl em bioinformática está declinando, e R está aumentando rapidamente em popularidade. Mas para qualquer idioma que você queira nomear, você provavelmente encontrará um laboratório de bioinformática usando-o.

    
por 14.07.2011 / 18:48
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Vou adicionar uma resposta aqui, pois acho que muitos deles perderam um ponto chave ...

O Perl é popular na bioinformática porque é originalmente uma linguagem de processamento de texto .

O texto é rei

Perl facilita:

  • implementam algoritmos de PNL e bioinformática,
  • extrair dados textuais,
  • gerar dados textuais.

O idioma não é (meio) ruim

Também tem os benefícios de ter:

  • a expressividade decente ,
  • uma curva de aprendizado relativamente baixa (até que você descubra todos os truques e truques) ,
  • mas também um desempenho decente .

Embora não permita a criação de programas de processamento tão rápidos quanto um equivalente C, o tempo de desenvolvimento é muito inferior e vem com pilhas incluídas quando se trata de processamento de texto ( poderosas expressões regulares , qualquer pessoa?), facilitando a coleta e o uso em um contexto de laboratório para resolver essas tarefas.

Portabilidade e extensibilidade facilitadas

Além disso, obviamente também:

  • é portátil em muitas plataformas ,
  • vem com uma biblioteca muito grande de extensões .

Mas a razão pela qual há tantas extensões e módulos de bioinformática (e científica em geral) para Perl, em primeiro lugar, é por causa das razões dadas acima. Em muitos casos, o design e as habilidades da linguagem tornam-se um ajuste quase perfeito (apesar de muitos ressentimentos possíveis que alguém pode ter contra ela) pelo trabalho.

Tudo isso torna o Perl um bom concorrente para pesquisas científicas, especialmente em campos onde os dados a serem processados são principalmente em formato de texto.

Naturalmente, outras linguagens surgiram e reivindicam uma participação de mercado por razões diferentes (maior expressividade, melhor legibilidade, explicitamente evitar hacks obscuros e falas de um guru-ish ...), mas ainda competem com Perl em certos aspectos (Ruby é tão rápido de aprender quanto lento para processar dados, por exemplo). Então, no domínio da bioinformática (ou PNL), onde você lida com formatos de texto, ciclos de pesquisa rápida e mais dados cada vez maiores (muito obrigado, genômica e NGS), o Perl ainda é muito relevante.

Na verdade, só notei maple_shaft , Charles e comentários do geoffjentry , que Mencionou a importância das expressões regulares também, por isso nem todos ignoraram isso. :)

    
por 04.03.2012 / 00:28
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Uma das grandes razões por trás da popularidade de Perl em bioinformática é a BioPerl , um conjunto abrangente de módulos para trabalhar com dados relevantes .

parece que a maioria dos módulos é realmente projetada para trabalhar com dados gerados por outros programas. Perl faz para excelente reportar fita adesiva, afinal.

    
por 14.07.2011 / 18:29
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As ferramentas são selecionadas pelo nível de habilidade dos operadores e pela facilidade de adoção - demora um tempo para um programa compilado ou IDE ultrapassar uma linguagem interpretada simples.

O Perl tem alguns problemas sérios, documentação séria, bibliotecas sérias e ampla disponibilidade gratuita. O que há para não gostar de nada disso?

    
por 14.07.2011 / 18:28
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O Perl tem todas as mesmas habilidades, construções de dados e métodos de outras linguagens, e é mais fácil aprender mais do que isso. Isso é bom para pesquisadores e cientistas não muito experientes em programação, pois eles podem facilmente pegar o Perl e realizar a (s) tarefa (s) desejada (s)

Além disso:

Há muito suporte on-line e scripts gratuitos que são claramente vantajosos! =)

Em suma, a maioria dos cientistas e pesquisadores só quer fazer o trabalho e fazê-lo o mais rápido possível, e o Perl é o ajuste perfeito para isso

    
por 14.07.2011 / 18:27
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