Sim, acho que é uma má ideia. Não me entenda mal, a razão para isso parece ótimo, mas o resultado ainda pode ser horrível.
Você terá conflitos de mesclagem ao extrair uma ramificação controlada, pelo menos temo que esse seja o caso, mas posso estar errado.
Eu não quero testá-lo agora mesmo no trabalho, mas você mesmo deve testá-lo.
Na verdade, você pode apenas verificar um commit recente. Faça um novo branch, faça algo insignificante, escolha picareta ou mescle sem autocommit.
Em seguida, execute seu script, puxe e se o resultado for uma confusão horrível, você definitivamente não deve fazer isso à luz do dia.
Em vez disso, você poderia colocá-lo em uma compilação noturna ou em uma compilação semanal.
Mas até uma noite pode ser uma má ideia.
Você pode executá-lo semanalmente, quando tiver certeza de que não haverá conflitos de mesclagem, porque tudo está terminado na segunda-feira.
Caso contrário, execute-o 1-2 vezes por ano nas festas de final de ano, quando conflitos de mesclagem não ocorrerão.
Mas a solução pode depender da sua prioridade para o estilo de código.
Acho que criar um script de configuração que cria automaticamente o repositório git e define os ganchos para o projeto seria melhor.
Ou você pode incluir o script de configuração do gancho em uma pasta para seus desenvolvedores dentro do projeto e simplesmente verificá-lo no próprio git.