Normalmente, é uma prática ruim para usar a linguagem X para gerar código na linguagem Y.
Tente separar os dois idiomas, tornando data sua única interface - não misture o código .
No seu exemplo, você poderia melhorar o código usando o PHP para preencher uma estrutura cfg
disponível para JavaScript:
<script type="text/javascript">
var cfg = {
theId: "<?php echo $divID ?>",
...
};
$(document).ready(function(){
$("#" + cfg.theId).click(funtion(){
alert('do something');
});
});
</script>
Desta forma, o PHP só se preocupa em preencher a estrutura de dados e o JavaScript só se preocupa em consumir a estrutura de dados.
Esse desacoplamento também leva ao carregamento dos dados de forma assíncrona (JSON) no futuro.
Atualização:
Para responder às perguntas adicionais que você fez com sua atualização, sim, seria uma boa prática aplicar o princípio DRY e permitir que o PHP e o JavaScript compartilhem o mesmo objeto de configuração:
<script type="text/javascript">
var cfg = <?php echo json_encode($cfg) ?>;
...
Não há mal nenhum em inserir a representação JSON de sua configuração diretamente em sua página como esta. Você não precisa necessariamente buscá-lo via XHR.