Isso depende da magnitude da mudança, mas eu não consideraria isso uma boa prática para as diferenças que você descreveu.
Geralmente, você quer que uma ramificação do Git seja algo que será mesclado no futuro ou armazenado como somente leitura para referência. As ramificações do git que coexistem indefinidamente significam trabalho para todos: as mudanças precisam ser propagadas e mescladas, os conflitos resolvidos, toda a diversão. Se nada mais, todo desenvolvedor tem que lembrar de enviar mudanças para cinco repositórios ao invés de um.
Se você tiver pequenas alterações, todo o esforço de mesclagem e manutenção de filiais parecerá excessivo quando comparado ao problema. Use seu pré-processador ou sistema de construção para diferenciar as versões. Um simples #ifdef
faz o truque? Então não resolva problemas com o git, é exagero.