Para projetos pequenos, eu me tornei um grande fã de Trello . Tem uma barreira tão baixa para a entrada e uma usabilidade tão alta que eu a utilizaria para qualquer projeto menor.
Se você quer algo um pouco mais complicado e cheio de recursos, eu recomendo as sugestões do FogBugz ou do Bugzilla.
Editar para fornecer mais "explicação e contexto":
O problema mais comum que notei entre equipes menores sem gerentes de projeto dedicados é que muitas coisas simplesmente não são inseridas no sistema . Os desenvolvedores não dedicam tempo para digitar tudo o que precisa ser feito, ou os problemas são atualizados apenas esporadicamente à medida que o trabalho avança.
O Trello incentiva os usuários a manterem o sistema atualizado com bons dados, tornando estupidamente fácil adicionar novos problemas e atualizar o status dos problemas existentes.
Mais notavelmente, seu sistema de "listas" dentro dos quadros pode ser facilmente e rapidamente ajustado para representar quase qualquer sistema de marcos e tipos de problemas que um pequeno projeto gostaria de usar.
Também suporta ferramentas de acompanhamento de problemas mais comuns, como comentários sobre problemas, votação de problemas, reordenação, marcação e atribuição de tarefas, mas todas estão ocultas fora do seu caminho (mas exatamente onde você as deseja quando precisa eles).
O Bugzilla é um ótimo rastreador de problemas, mas não há como negar que parece que criar e editar bugs é caro . O FogBugz diminui muito a dor subconsciente de rastrear tudo em seu projeto, mas ainda tem edições e telas suficientes para parecer mais trabalho do que, por exemplo, simplesmente arrastar um cartão de "fazer" para "pronto" no Trello.
tl; dr - a melhor maneira de manter um rastreador de problemas relevante e atualizado é torná-lo o mais fácil de usar possível , e é isso que o Trello foi criado para realizar.